Program Studi Pertahanan Udara didirikan pada tanggal 10 Januari 2014 berdasarkan Surat Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 26/E.E2/DT/2014 tanggal 10 Januari 2014 tentang Penugasan Penyelenggaraan Program Studi. Program studi ini diselenggarakan dengan tujuan untuk meningkatkan kualitas sumber daya manusia di bidang pertahanan khususnya pertahanan udara pada tingkat S2 (Magister). Penyelenggaraan pendidikan dilaksanakan melalui proses pengajaran, pengabdian kepada masyarakat dan penelitian. Mahasiswa wajib mengikuti dan menyelesaikan perkuliahan dan penulisan tesis dengan jumlah satuan kredit semester (SKS) sebanyak 144 SKS yang ditempuh paling cepat selama 4 (empat) semester dan paling lambat 8 (delapan) semester. Mahasiswa yang dinyatakan lulus mendapatkan gelar Magister Pertahanan (M.Han).